我一貫反對教師按論文多少記工分而取酬，反對論文一發表就給予獎勵，但是，又一貫主張研究生（主要是指博士生，下同）的論文要能夠發表在學術刊物上。有人可能會問，這兩者有沒有矛盾？
這兩個主張，表面上看起來似乎是有一些對立的。教師按論文記工分取酬，刺激教師寫論文的積極性。不這樣做，就可能會大量減少論文的數量。而研究生要發表論文，會使得論文數量大幅增加。這不是相互矛盾的主張嗎？
僅僅從論文的數量看，這兩個主張產生的效果似乎相反。但是，我們看問題不能僅僅看產生論文的數量，而要看對於整個科學研究事業和教育事業的影響。
高等學校的教師，為什麼要進行科學研究，為什麼要發表研究論文？
教師進行科學研究的目的主要是為了發展全人類的科學事業，為人類的知識大廈添磚加瓦。發表論文只是科學研究過程的一個環節，研究者向同行和公眾宣佈自己的研究成果，作為一個研究結果的記錄供同行討論和參考。因此，研究論文需要先進性、創新性，也就是既優又先的。
當然，教師也只有進行學術研究，才可以跟上世界學術研究的步伐，提高自己的業務水準。教師的業務水準高了，才可能真正做出高水準的教學工作，教出高水準的學生。只有自己親自進行學術研究的教師，才能夠教導出會創新的學生。這也是高等學校教師必須進行學術研究，發表研究論文的目的。
雖然從原則上說，每一篇論文都有它的創新。但是，創新的大小、對於整個學術研究影響的大小，差別極大。我們總是希望論文的創新性能夠大一些，“水分”少一點。
因此，教師進行學術研究，發表學術論文，關鍵是要提高品質，發表高品質的論文，即真正能夠解決科學問題。管理制度應當有利於達到這個目的。
如果我們對發表文章採取“記工分”取酬的辦法，確實可以刺激人們多發文章的積極性，但是，卻會產生片面追求論文數量的傾向。發表了很多文章，卻不解決什麼問題，或者只取得很小的進展。選題只求跟風，因為時髦的文章容易發，而且容易發到影響因數較高的刊物，原創的論題。研究艱難，論文的發表也艱難。記工分的辦法搞得研究者成為寫作論文的機器——寫作和發表學術論文其實也是有訣竅的，有人寫上了路，就能夠寫出許多文章了，當然，實際水準是另外一回事情。
“記工分”，按論文取酬的辦法，雖然在初期對於鼓勵教師多做工作起到一定的作用，但是隨著時間的推移，其副作用越來越大。即使去除了抄襲等嚴重學術不端行為，大量的“為論文而論文”的寫作，造成了看上去論文很多，解決的科學問題卻很少的“虛假繁榮”局面。
這樣的指導方針和管理方法，結果看上去似乎好看了，實際上浪費了科學工作者大量的寶貴歲月，也浪費了國家的大量資財。這是與國家長期的利益完全相背的。隨著時間的前進，現在越來越多的人認識到了這種指導方針和管理辦法的弊病。
但是，這種按工分取酬的辦法，對於很多單位、很多學校是非常有吸引力的。其原因很簡單，對於絕大多數人來說，判斷一個地區、一個單位、一個學校的科學研究水準和教學水準，學術論文的數量和影響因數，是一個最直觀的因素。
所以，我斷言，反對記工分按工分取酬，在現在的政策和管理制度下，對於大多數地區、大多數單位、大多數學校很難行得通。對於地方、單位、高等學校的管理者來說，學術論文的數量和影響因數，是他們的“命根子”，這就像對於市縣、對中等學校來說，升學率是他們的命根子一樣。不管你說有什麼什麼弊病，不管說浪費了多少人的寶貴青春歲月，浪費了國家的多少資財，都沒有高等學校的學術論文數量和影響因數和中等學校的升學率重要。
在這個問題上，國家的利益與地方、單位、學校的著眼點並不相同，因此，很難讓它們自發地都按對國家、對民族最有利的方針去辦。
特別是對於那些現在處於較為後進的地方和學校，它們迫切希望迅速地、大幅度地提升目前較為不利的排名，還會更進一步推出急功近利的各種政策。它們會繼續強化計工分和按論文取酬的辦法，甚至會加大這種計工分分配在整個工資分配中的比例。
即使對於某些應當為全局考慮的國家工作人員，也容易被某種程度上的“虛胖”而沾沾自喜，看不到它對國家長期利益的損害。
我高興地看到，教育部、科技部聯合發文已經提出了樹立正確政策導向的意見。要求高校“不發佈SCI論文相關指標、ESI指標的排行，不采信、引用和宣傳其他機構以SCI論文、ESI為核心指標編制的排行榜，不把SCI論文相關指標作為科研人員、學科和大學評價的標籤”。這是非常正確的。然而，我也有一些擔心，我們向來有“政策與對策”的傳統，兩部這樣的意見能不能真正實施，我沒有信心。何況，更重要的是兩部的規定只是指“SCI、EI”，我們換一個評價指標，另外搞一個新的例如“某某核心刊物指標”之類的，不就可以了嗎？
也正是如此，才需要我們堅持不懈地把記工分按論文取酬對於國家整體利益的不利之處講清楚。也只有讓更多的人弄清楚了這個道理，國家才可能採取更清晰的政策，來維護整個國家、整個民族的利益，這也是絕大多數科學工作者的利益。這個問題的解決，不可能靠地方、不可能靠學校，只能靠國家的政策和強制性的規定。
研究生的論文，則是另外一回事情。
研究生的論文最好能夠發表在學術刊物上，很重要的原因之一在於學習。
把學術論文發表在刊物上，與單純的畢業論文寫作還不是一回事情。我過去曾經這樣說過：
論文的投稿，到編輯部及審稿者的審閱，根據審稿者的意見修改或補充實驗，修改論文，甚至多次修改，直到被接受，被刊出，有一個繼續完善的過程。一般地說，寫出論文，一次就能夠直接刊出的，只是少數。對於初學者的論文，更是極少數。因此，從寫出論文到發表看出，這裏還是有許多問題需要學習的。這個過程，在研究一個問題的整個過程中，也是一個很重要的環節。對一個問題的研究，從查文獻開始，到學術刊物刊出為止，一般地說，這是一個完整的過程。如果，研究生的論文沒有投稿，研究生在學習期間，也就缺少了這樣的訓練，換句話說，這樣的學習是不完整的。
有人會說，研究生的畢業論文不也是需要審閱的嗎？這不也是一種把關嗎？研究生的學位論文確實也需要審閱，這種審閱確實也是把關，而且是重要的把關。但是，學位論文的審閱與對某一個具體問題研究論文的審閱，還不是一回事情。按現在的實際情況看，對於研究論文的審閱，在大多數情況下要細緻得多。它的審稿者往往是真正的小同行，對於一些具體問題的審閱，能夠更深入、更接近實質。而現在對於學位論文的審閱者，要在很短的時間內，對整個學位論文審查到非常細緻的地步，是很困難的。實際上也很少有讓學位論文像研究論文那樣的審查、修改、再審查、再修改的過程。
所以，研究生的研究論文的發表，對於研究生的學習，是一個重要的過程。對培養研究生具有一定的獨立研究能力，是一個重要的方面。如果有可能，還是應當讓研究生學習這一個過程。有了一次完整學習的過程，對於學生將來的各種將是有很大好處的。
有人是主張研究生論文不必發表的，因為怕等待修改發表就會影響按時畢業，對學校、對學生都產生了不必要的壓力和負擔。其實，時間應當服從任務，讓學生真正學到本領才是最根本的目的。
總之，做管理的人應當弄清楚，教師和研究生同樣是做研究、發論文，目的和要求都並不相同，因此管理的方法也應當不同。
教師做研究、發表論文，最要緊的是抓品質，因此，在管理制度上要鼓勵發表真正能夠解決問題（當然包括理論問題）的論文，盡可能做出高品質的工作，而不要斤斤計較於論文的篇數以及影響因數。而研究生做研究發論文主要還是一個學習的過程，讓學生發表論文是對學生負責，對國家的將來負責。降低要求、放一點水，讓學生早點取得學位高高興興畢業不見得是好事情。