原文太長了，所以分成兩篇，見諒。兄弟我歷來認為，科學家應當要關心歷史，但還得面對並研究現實，所以諸如：生信是工具啦，生信不關心生物學問題啦，生信拿著數據胡搞不做實驗啦，之類的。這些評論是真的嗎？咱可以很負責任的回答：曾經的確是真的。加上“曾經”這倆字的意思是，生信是個快速發展的領域，理念、方法、思想和研究對象都在不停的發生變化。例如我們家豆兒，兩個月沒回合肥，再回去我媽第一句話就說，豆兒感覺又長大了啊。是吧？我媽初中沒念完，都知道思想要與時俱進，各位專家這麼高的水準，就甭在那裏裝Brain damage了好吧？
當然你肯定要問：證據呢？是吧？猜到你要這麼問了。證據多得是，比如《N6-甲基腺苷的調控功能：那些27歲的教授們》這篇博文裏提到的結合計算和實驗分析RNA甲基化的工作，就是典型的生信與實驗結合的工作。限於篇幅咱再舉三個例子。例如，近期北京中科院計算所趙屹研究員與美國學者合作，在Cell Metabolism上發表論文，利用已有的公共數據做分析，預測了三條特異性高表達、可能有可能的長非編碼RNA (lncRNA)，並且後續的實驗也漂亮的證實了預測結果嗎，證明其中一個lncRNA調控肝臟的脂類代謝。當然你看了文章又要講生信不是主要作者，所以不妨看看清華大學汪小我、謝震兩個研究組合作發表在PNAS上，關於內源競爭性RNA (ceRNA) 與miRNA調控的系統生物學以及合成生物學的工作，無論計算模擬還是實驗工作都是相當的漂亮和扎實。還不服？去年咱講過“環形RNA分子：論開掛在生命科學研究中的重要性”，發表在Cell上，這是典型的計算與實驗結合的工作之一。當然咱在博文裏納悶了一下說計算方法學有點兒湊合。這不，北京生命科學研究院趙方慶研究組立馬在Genome Biology上發表了Ciri演算法，能夠準確預測環形RNA分子的存在。當然嘍，這篇文章不光是計算做的漂亮，實驗也是做的非常多、非常扎實。
因此，綜上所述，搞生信不做實驗不關心生物學問題那已經是過去的事情了。既然過去了那也就沒必要老翻黃曆，誰熊孩子的時候還沒穿過開襠褲啊不是？對吧，得向前看。好，繼續上一篇的博文。
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5. 可以發表更多的論文。博士也好，博後也罷，時間過得都很快。如果你不想被淘汰出局，其實沒有太多的時間供你浪費。叔不騙你，生信能夠給你的更多，並且能夠使你迅速轉到進展更快的研究上，而實驗經常則是失敗，並且更經常是長年累月失敗成習慣。因此，一般搞生信的單位時間裏發表論文更多。當然嘍，江湖上常見的忽悠是，實驗的論文更難發表所以也就更有價值 (你信不信，反正Casey是不信)，但是大家都清楚的是，論文仍然是科學裏的硬通貨 (hard currency)。另外，招聘委員會的座右銘“不讀文章數數就行”仍然是真實的(你看看，數文章這事兒老外也一樣，咱這是與國際前沿保持一致)。並且，一般大家都想看看年輕人是否真有好的想法並且實現，而發表論文就是你能搞定研究的證據。因此生信能讓你證明你是個難題終結者，並且幫助你在科學上獲得成功。
6. 研究能有更大的靈活性。成為生信學家最酷的事情之一是你的研究不像做實驗生物學那樣有太多的限制。可能你只是做哪些計算上可做的分析，但這個範圍已經足夠廣闊了，從計算神經生物學到理論生態學，以及兩者之間的各種東西。你可以更容易的更換研究題目，但如果你只有實驗技能的話那就比較困難。(所以開會的時候師兄就講，說假如你會抽質粒，那你以後也就會抽質粒) 這種研究的靈活性能夠滿足你智力上的好奇，或是讓你追逐你想做的最新方向。對學生來說，生信研究提供的靈活性(並且還便宜) 能夠保證你接受良好的訓練，從而在科學生涯早期就做出自己的東西。這個當然很重要，因為越早開始獨立做研究，未來也就越容易成功。
7. 工作場所不受限制。有人講，當需要平衡工作和生活的時候，搞生信仍然能夠保證很高的科研產出。實驗學家需要圍著實驗臺轉悠，但搞生信你可以想在哪里在哪里，在家裏通過遠程操控電腦也行 (這個我幹過，當年讀博士那會兒，咱習慣一個人貓宿舍，二鍋頭喝著，花生米吃著，遊戲開著，順便偶然還看看結果算完了沒)。因此這種靈活性能夠保證你平衡工作和休息，安然度過生命中艱難的歲月，並且做重大的決定更容易，例如建立家庭，因為你可以把代碼提交到電腦上然後回家陪娃兒媽，而不需要惦記泡膠完了是否要趕緊回去轉膜。所以Casey的意見是，如果你希望既能搞生物學研究，又能擺平家庭，讀生信的博士或者博後會更容易讓你實現這個目標。這個不光對女生適用，Casey本人以及他的某個朋友也說，最美妙的事情就是一邊做生信研究，一邊哄娃兒睡覺，可以在實驗室裏試試。
8. 計算研究的性價比高。既然公共資料庫能夠獲得海量的數據，生信研究就要比大多數實驗工作便宜。這個很重要，主要理由是，第一，搞生信的對基金的依賴度要小，正所謂有錢能做，沒錢想辦法也能活下去，所以你就不需要成為基金的奴隸，或者耗費大量時間申請基金，可以想做啥做啥，靈活性高。在經濟不好的時代尤其重要 (這說的顯然不符合咱中國國情啊)。上面提到的是生信研究由於成本可以降低，所以學生可以在科研生涯的早起就開始做對研究，這樣你也就不用什麼時候都抱著你老闆的大腿求指點。第二，性價比高更重要之處在於，當你開始建立自己的研究組時，基金和研究組的規模都受限制但你還得保持產出的延續性，那是得精打細算。最後，生信的高性價比是的發展中國家的學者能夠獲得與發達國家學者同等的研究機會。因此，Casey認為不光是英國，其他發展中國家的學生和學者都應該考慮做生信，從而不收資助的限制成為頂級的學者。
9. 成功的科學家死在辦公室。開個玩笑。如果你拿到PI的位子，那麼你會經歷助理、副教授到教授到老教授最後到死教授這個歷程 (昆明理工大學的好友董的說法)。當然嘍，有些勇敢的靈魂們升天了之後還是能找到實驗跑回實驗室做實驗，但這也是稀有品種不是？科研工作者一般習慣坐在電腦前，在辦公室裏你又舔不到濕實驗，但你仍然可以做生信不是？例如Webb Miller指出，引用最多的生信學家歷來都是持續做自己的研究，並保證活躍的研究。要記住長期的目標是成為“主要研究員”(Principal Investigator)，而不是“名不副實的研究人員”(In Principle Investigator)。因此如果年輕的時候希望做研究，那麼問自己：為什麼學習不能終生受用的技能，而你實驗室其他人則拿來做有趣的發現？
10. 你能夠知道為啥這個列表是從0開始。Casey寫這篇博文最主要的目的是希望能夠討論更多的做生信的好處。他列了這些條希望其他好的想法也能夠加入。(不會真不知道為啥從0開始吧？寫程式數組的下標都是從0開始的，至少Perl如此。
Casey的博文，搞生信的大多都贊同。當然也有吐槽的，吐槽的原因是因為大家都贊同，所以要反對。因此有學者2012年8月11日寫了個反駁貼：“不應該做生信/計生的博士或博後的前N條理由”(Top N Reasons NOT to do a Ph.D. in Bioinformatics/Computational Biology)。內容不怎麼多，就三條：
1. 生信研究有5個級別。參見博文“A beginner’s guide to bioinformatics – part I”和“A beginner’s guide to bioinformatics – part II”。其中，1級為用線上工具分析數據，2級為能安裝和運行新軟體，3級是可以用Perl之類寫腳本程度，4級是可以用C/C++和JAVA之類的語言實現已有演算法或改已有的代碼，5級是設計並寫程式實現自己的演算法。Shirley之前寫過、我也翻過生信研究的分級，參見“如何成為頂級生物資訊學家”，對應關係大致是這兩篇博文提到的1-3級是標準1級，即給數據能分析；4級是標準1級裏的頂級，即給數據能改改再分析；5級就是標準2級的水準了。我們之前講過了，標準1級和2級是區分專業和非專業的風水嶺，要逾越極其艱難。所以吐槽者打擊大家的積極性：除非你達到5級，不然你也就是個看景兒的，你覺得你能達到嗎？要達到5級，你很年輕的時候就要有數學天賦哦，在博後的時候想轉那可能就太晚了。(國內搞生信的達不到標準2級，這博士咋能畢業呢？)
2. Casey自相矛盾。Casey第5條說你能發更多的文章，第6條說研究能有更大靈活性，第7條說工作場地不受限制。而第9條則說成功的科學家死在辦公室。然後問大家，看出5-7和9的不一致性了沒？然後提醒大家，如果沒看見，那你這輩子想達到4級以上是沒戲了。吐槽者解釋說：如果你和數百萬的競爭者發表論文都很容易，並且還帶孩子，那這些文章還有機會發的好？
3. 生物學是自然科學，電腦僅僅是80年代初產生的新工具。要達到5級生信的水準，你既要寫代碼，並且可能還得會修電腦，但這樣你也就原理生命本身。要成為有影響的生物學家，你也必須要做既髒又費時間的實驗。
最後，吐槽者給年輕學生們提出了一些相當有建設性的意見。例如學語言最好是學普通話，並且把生物學論文翻譯成漢語，這比學C/C++和JAVA之類的語言要重要的多。各位覺得這個建議是不是超贊?