日本博士學位在社會上享有很高的聲譽。在日本由出版社出版的書籍中作者的署名一般為“工學博士張某某”，“理學博士 王某某”等。由此可以看出博士學位在人們心目中的地位。縱觀日本博士學位制度的變遷，可以分為以下幾個階段。
1. 博士學位的初期(1887～1918)
日本博士制度是與日本的近代學校制度同時建立的。1887 年(明治20 年) ,即《帝國大學令》公佈後的第二年,日本的首任文部大臣森有禮頒佈了日本最早的《學位令》(敕令第13 號) 。根據這道法令,三類專業設博士學位，即 法學、醫學、工學。沒有設置象美國那樣的覆蓋各學科門類的哲學博士。《學位令》還明文規定了獲得博士學位的三種方法。
1) 課程博士：　在大學院(我國稱研究生院) 接受5 年的學習後,通過最終考試並提交博士論文的學生。
2) 論文博士：　不需要通過在大學院的學習,只要提交博士論文並通過大學評議會的審查合格即可。
3) 推薦博士：　不需要大學院教育和博士論文,由文部大臣直接推薦,但必須得到大學評議會2/ 3 以上的成員的同意。
到1898 (明治31 年) 年,日本明治政治修改了《學位令》(敕令第344 號)為止，這個日本最早的《學位令》被執行了11年, 日本共授予了139 個博士學位。其中,課程博士僅4 名,占總數的219 %;論文博士19 名,占1317 %;推薦博士116 名,占總數的8314 %。
1898 年修改了《學位令》(敕令第344 號) ,增加了博士的種類, 由大學校長推薦也成為一種獲得博士學位的新方法。當時日本國內僅有東京帝國大學（現在的東京大學）和京都帝國大學（現在的京都大學）兩所大學, 辦學規模比較小,教學指導力也比較弱,因此課程博士不能得到充分的發展,培養數也不能滿足日本明治政府的要求。大學校長推薦途徑的開闢,使兩帝國大學的教授們更加容易獲得推薦博士, 因為在他們的學生時代,沒有大學院制度和學位制度。大多數人是在取得學士學位後到歐洲或美國的大學去留學2 、3 年,然後回國成為大學教授。2 、3 年的留學生活不足獲取博士學位，事實上大多數的教授正是通過此途徑獲得博士學位的。日本早期學位令的特徵是開闢了不需通過大學院學習也可獲得學位的道路。論文博士和推薦博士占博士總數的97 % ,因此，學校教育外的學位取得途徑對以後的日本博士學位授予制度的發展產生了深遠的影響。
2. 博士學位的發展(1919～1945)
推薦博士制度在當時的日本學位授予制度中雖然佔據了主要的地位,為大批的教授解決了學位問題,但是, 因為推薦制度缺乏嚴格的考核和審查制度,很難保學位授與證d高質量和高層次。推薦博士制度中,與校長的人際關係和校長的權威比學術水準和學術貢獻顯得更為重要。因此校長推薦制度引起了當時日本社會的普遍不滿。在社會各界的反對下,1919 年(大正9年) 日本政府第二次修改了《學位令》(敕令第200 號) ,廢除了博士推薦制度,將獲得學位的途徑變成兩種：一是課程博士。二是論文博士。很多人選擇了論文博士的道路。以人文學科或社會學科為例，學生在本科畢業後,或是在大學裏擔任助教,或是成為高中的教師,在工作期間,個人繼續進行學術研究。這種情況往往需要經過長期的研究,才能提交博士論文。醫科的學生在修完本科課程外,多成為大學附屬醫院的無薪醫務局人員,在那裏邊工作邊研究,將研究結果作為博士論文提出。而在廢除了推薦博士後,論文博士成為日本最高學位獲得的主要途徑。從上世紀二、三十年代的博士授予數來看,有80 %以上的博士學位是通過論文博士的途徑獲得的。
雖然這段時期中的學位授予制度從人事推薦制度向論文評審制度轉化,建立和完善了學位的審核體系,但是非學校教育的學位制度的本質並沒有發生根本的改變。非學歷的學位制度依然是博士學位授予的主流,佔據著主導的地位。
3. 戰後日本學位制度的發展(1945～)。
戰前日本的博士學位的發展卻相對緩慢。從1899 年到1932 年的33 年間所授予的博士學位數僅1908 人,而且幾乎被東京、京都、東北、九州這4 所帝國大學所壟斷。其中東京和京都兩校就占了60 %以上的比例。戰前日本的大學院的發展也十分緩慢,大學院的在校生數從來未超過3000 人的規模。從博士學位的授予數的發展情況來看,1915 年以前每年不足100 人,到1935 年以後發展到每年授予1000 多人,其中絕大多數是論文博士。
日本的近代教育制度,特別是高等教育制度是模仿德國的教育模式而建立的,沒有體系化的制度,博士生多依靠與教授的私人關係進行科研和學習,而有許多人文學科和社會學科的博士生與學校的接觸很少。這種培養模式對日本的學位制度的建設產生了極大的影響。
戰後日本直接引進美國的研究生教育制度,使日本的大學院得到發展。開設博士課程的大學從1955 年的47 所增至1988 年的202 所;1992 年的在校博士生數比1958 年,約增加了515 倍,1999 年僅博士研究生的招生數就達到16276 人。
戰後日本的課程博士的比例迅速上升。在1964 年以前課程博士是獲得博士學位的主要途徑(人文社會學科除外) 。此後課程博士的發展速度緩慢下來。而論文博士始終保持著較快的發展速度,1965 年以後論文博士再次成為主導地位,並將這一優勢保持到現在。戰後日本的文、理博士的發展依然是不平衡的。從1987 年的博士學位授予(包括課程博士和論文博士) 情況來看,9156 人中醫學博士占62 % , 工學博士17 % , 理學博士9 % ,而人文、社會學科的博士還不到3 %的比例。學科間的不平衡的主要是因為文理科間對學位論文的重視程度和評價標準的不同所所致的。理工類學科對博士論文水準的評價有較為明確的標準,主要是考核博士生在專業雜誌上發表論文的數量和品質。同時博士生在研究室內還承擔各自的科研任務,是大學實驗室的主要成員,加上較為重視對平時的課程以及試驗的考核,因此,理工科類的課程博士一般都能在畢業時獲得博士學位。相反人文、社會學科的博士課程不如理工學科那樣明確,平時的課程考核比較松。論文的評價也沒有確定的標準,或過於嚴格,年輕的博士生幾乎不可能達到水準。這樣使絕大部分的博士研究生在學校取得學分沒拿到博士學位離開了學校。1987 年,人文學科有85 % ,社會學科有78 %的博士生就這樣離開了大學院。理工類學科情況較好,但也有34 %的理科和32 %的工科博士生在學校取得學分沒獲得課程博士學位。所以，在日本人的簡歷中經常有取得學分退學的說明。這說明日本的課程博士有著十分嚴格的考核程式。最近,經濟學和心理學的博士論文的評議逐步向理工科的模式發展。日本的論文博士學位的考核也十分嚴格,有些研究者為寫一篇博士論文要花費20～30 年時間。
日本的博士學位制度在法律上也有明文規定。《學校教育法》、1953 年公佈的《學位規則》以及1974 年公佈的《大學院設置基準》中都有有關博士學位的條例。