20世紀50年代，毛澤東同志提出“把中醫中藥的知識和西醫西藥的知識結合起來，創造我國統一的新醫學、新藥學”。然而，時至今日，在什麼是中西醫結合、如何進行中西醫結合等問題上依然存在著頗多爭議。 以往的中西醫結合研究過多地是形而下的實操性探索，這還不足以支撐一個學科體系的發展和壯大。因此，必須有系統的認識論和方法論方面的分析、研究和提升，即形而上的研究。 筆者認為，對中西醫結合醫學概念的科學界定是首要的工作，學界只有在學科概念上達成一致，才能從認識論、方法論層面系統深入研究拓展中西醫結合醫學的理論和應用。從本質上理解，中西醫結合是以傳統醫學的本體論、認識論為認識論基礎，採用現代醫學的還原論、系統論、資訊理論、控制論等方法論，研究人類生命、健康、疾病的現象、本質及時相性演變規律，以預防治療疾病，增強人類健康水準的綜合性醫學學科。 本體論回答的是世界上最真實的存在是什麼樣的，是一元的；認識論是二元的，回答人和真實的存在之間的關係是怎樣的；方法論回答人如何去發現最真實的存在（採用還原論或整體論）。
中醫的特色與魅力 中醫的本體論—“氣”。本體論是指“關於宇宙萬物的”最普遍、最一般、最根本、最高的根據、本質或基礎的知識或理論。《中國大百科全書》本體論詞條中這樣表述：在中國古代哲學中,本體論叫本根論，指探究天地萬物產生、存在、發展變化的根本原因和根本依據的學說。中國古代哲學家一般把天地萬物的本根歸結為無形無象的與天地萬物根本不同的東西。 在中國哲學史上，元氣是萬物的本原，元氣具有生生不息、連續不斷、沒有結構，元氣本體論的發展支配了中國科學的認識水準。醫學本體論是指關於醫學的最普遍、最一般、最根本、最高的根據、本質或基礎的知識或理論，它是醫學賴以存在和發展的本質基礎或邏輯根據。
醫學本體論決定著醫學認識論、方法論的基本路線和方向。醫學本體論發生變革，醫學認識論和醫學方法論也要隨之發生變革。在“元氣是萬物之本原”的中國古代哲學思想的指引下，中醫將“氣”作為人生命的本質,進而是臟腑等的本質，此乃中醫之本體論的基本內涵。氣本體“規定”了生命本質的同一，而終極意義上的同一“質”不會是有形結構的同一。 在中醫看來，健康的人體的生命活動就在氣的連續不斷的升降出入運行中保持氣機調暢。而中醫的氣本體正是貫穿中醫各種實踐的始終。非實體的氣充盈的生命範疇存在比生物概念具有更廣泛的涵義，由氣化生的心神範疇比心理概念具有更深刻的意蘊。 如何用現代科學理念來理解“氣”的內涵？筆者認為“氣”就是生物資訊能量的總稱。生物資訊能量是生命體內特殊的生物微波，可以調節體內離子、分子的運動，糾正細胞內非正常變化，恢復細胞穩態；能量是生命活動的動力，維持體內生命活動的微觀運動體系（微環境）；體內生物分子的位移或變構需要資訊能量的供給，這種資訊能量可以為構成生命體的各種微粒子（原子、電子、離子）運動賦能，補充其消耗，維持微環境體系內正確的資訊交流。 中醫的認識論——“天人合一”。元氣本體論決定了中醫理論超越形態結構和實證方法的特性，這是中醫學整體觀念的思想源頭和中醫學理論的哲學基礎。中醫的概念、範疇、原理都是有機的聯繫，都是以氣為基礎的，由氣而發生的，一切生理病理都需要以氣的運行變化加以說明解釋。 人在本質上不可分解，所以人與自然,人體內部、人與社會、人與環境等都是一個不可分割的整體，同時又有機地聯繫。人既是系統又是要素。人是系統，它由各要素組成,是體、情、意的統一，是自然生物屬性和心理社會屬性的統一；人是要素，又是社會系統之要素、自然環境系統之要素。自然界任何可視、可測的物質只不過是能量的不同聚集態，構成了千差萬別的物質形態和種類，所有的聚集態是由非聚集的能量所維繫，人體也不能例外。因此，“天人合一”是中醫學認識論的核心要義，也是祖先為我們確立的重大科學命題，需要一代接續一代地去破解和證明這一重大命題。 中醫的方法論—整體論。醫學在本質上是人學。因此，醫學模式要同時關注生物因素、環境因素、社會因素、心理因素對人的健康和疾病的全面系統作用，其採取的方法必然是整體論方法。這種整體論方法不是上述各種因素的量化加和，而是要關注各種因素作用後的整體功能湧現或生成。中醫的陰陽五行相生相剋，辨證論治模型恰恰能提供這樣的範式。陰陽五行學說正好契合“氣的過程性”而非實體性特徵，氣運行的象特徵決定了中醫整體方法論的象思維特徵。作為中醫學突出特點之一的整體論，蘊含著樸素的控制論、系統論思想,其“黑箱”研究與控制方法成為中醫學千年不衰的重要支撐。
中西醫能否結合？ 近百年來，我國的中西醫結合發展歷程是從實踐到認識，再從認識到實踐，如此循環往復的過程。即將傳統的中醫中藥知識和方法與西醫西藥的知識和方法交叉融合，在提高臨床療效的基礎上，從微觀的系統維度和宏觀的整體維度研究闡明相應過程機理，進而獲取新的醫學認知。 中西醫結合的可行性。從認識論原理來看中西醫結合是可行的。人們對於同一客體往往表現為層次和角度不同，但只要具有同一的研究客體，就能在交流過程中實現真實反映客體本質這一基礎上的統一。中西醫雖然研究方法和評判標準不同，但研究物件和研究目的是相同的，因此是可以結合的。 從學科發展規律來看是可行的。任何學科的發展都是在不斷吸收其他學科先進思想的基礎上發展起來的，整合才能創新，中西醫相互借鑒，取長補短，才能創新發展中西醫結合學科體系。 中西醫結合的實踐證明是可行的。從民國中西醫匯通理論的提出，到張錫純《醫學衷中參西錄》的實踐，到新中國成立後中西醫結合治乙腦、急腹症等大量的臨床實踐證明，中西醫結合是可行的。 中西醫結合的必然性。中西醫結合是中西醫互鑒、互補，相互融合的學科體系，在發展過程中應把握好以下幾點。一是不能單純用西醫評價標準來評價中醫，否則，會導致中醫的科學價值貶損；二是用西醫的原理注解中醫，不能反映中醫的本質，反而導致中醫整體性、系統性特點的喪失；三是以西藥的單體成分研究思路來研究單味中藥有效成份和中藥複方，又重蹈早期西藥研究從天然藥物提取再到化學合成藥物的老路。青蒿素是從天然青蒿中提取，目前依據其化學結構式就可以化學合成。事實上，一旦合成了，青蒿素已不再是天然藥了。 中醫整體論關注的是整體性能、整體狀態、整體水準和整體變化規律，強調的是天人合一、形神合一；西醫還原論闡釋的是還原結構、還原實體、還原層次和還原本質,體現的是機體分解。事實上，二者都是以人體的生理病理狀況為研究物件，都是以疾病的預防治療成效為研究目的。不同的視角、不同的方式,研究的仍是共同的問題。“條條大路通羅馬”，只不過是中西醫各自所走的路徑不同而已。但兩者又各有缺陷，東方人因為統一而忘掉了差別,西方人又因差別而忘記了統一，二者分別揭示了人類生命活動規律的不同方面。這就如同對光本質的認識一樣，單有粒子說不能說明波動性，單有波動說不能說明粒子性，唯有波粒二象性才能說明光的基本形態和本質屬性。 因此，中醫整體論與西醫還原論，斷不可因為彼此間不能說明，或是因為彼此間的“忘記”，而輕易阻斷彼此間聯繫結合的可能。作為西醫學重要特徵之一的還原論，集中了近代科學思維的思想，其“白箱”研究與控制方法成為西醫學迅猛發展的根本原因。但是，“當科學家們把整體還原為基本的構成部分—無論是細胞、基因或基本粒子，並試圖用這些成分來解釋所有現象時，他們便失去了認識整個系統的協調活動的能力”，因此對西醫來說,強化整體或系統概念同樣十分必要。現代醫學的發展越來越強烈地佐證了這一點。由此可見，中醫整體論與西醫還原論之間的密切聯繫和結合趨勢,已經成為邏輯的必然。 中西醫結合的辨證統一性。善用察異的西醫學與注重察同的中醫學，二者認知方式的差別決定了實踐取向的分化。因為察異，西醫學偏重于病因和治療的特異性，習慣於“辨病”求治；因為察同，中醫學偏重於病因和治療的非特異性，習慣於“辨證”論治。這種差別在新冠肺炎的診治中體現得比較明顯。 面對新冠病毒病的突如其來，西醫學首先要做的是認識疾病、察明病因、尋找對策。在病因不明時,更多的只能依賴支持療法、對症處理。其間考察的是病因和治療的特異性，著眼的是病。而在中醫看來，新冠肺炎就是中醫所稱的“溫病”“瘟疫”“疫癘”。於是，中醫學駕輕就熟地對新冠病毒病進行辨證、治療並獲得良好效果。西醫察異與中醫察同都是對人體自然規律的一種探索和把握，應當防止把某一種認識方法過高地評價為唯一可能的方法，在治療疾病上兩者要堅持辯證統一原則探索新的療法和思路。 中西醫如何更好結合？ 隨著人的思維方式的深化及所用技術的改進，所觀察到的事物的廣度與深度及其規律也在不斷深化。要探明任何複雜事物的本質而不對它進行剖析和簡化是不可能的，天下沒有無局部的整體，也沒有無整體的局部。因此，還原論方法在邏輯認識論上也是無可非議的，系統論和還原論是並行不悖的,是互補的。 中西醫結合的方法論內涵。傳統的西方醫學主要以人體的生理、結構和疾病為研究物件，並在還原論的方法指導下，注重結構性的“實體”實驗，以空間變化為主要觀察目標。 然而，無論中醫學還是西醫學目前都無法做到同時獲得空間和時間上的病症的動態變化、生命功能的能量和資訊變化等的認知。隨著系統論等科學思想的廣泛傳播和影響，系統醫學已經逐漸取代傳統西醫學成為新的西醫學范式，其整體觀與中醫學整體觀的差別在於，中醫學理論承認並接受自身為“黑箱”理論，中醫的“黑箱”理論忽視微觀物質層面的細節機制，但是重視以系統論的思路認識人體生理，以問題解決為目的去總結臨床病理生理規律和經驗。現代系統醫學的“白箱”理論思維，是採用還原論方法，力圖對子系統的機制達到認為有較全面認識時，再針對局部機制進行干預。“白箱”理論對於病因單一，病理變化局限，非系統性疾病有其優勢。因此，應採用還原論、系統論、資訊理論、控制論等方法論，研究人類生命、健康、疾病的現象、本質及時相性演變規律，以預防治療疾病，增強人類健康水準。 基於此，從中西醫結合角度討論人類生命本質問題，整體論觀點是：維繫人類生命活動的結構系統在演變中所表徵的高智慧、自組織、自調節、自穩態，新陳代謝、自我修復、自我繁衍的過程。還原論觀點是：蛋白質及其他生物大分子同化和異化作用的對立統一矛盾運動的過程，是生物大分子相互作用、代謝更新、複製變異的時相性演變過程。維繫分子互作演變的機制是能量資訊傳遞。 因此，用微觀的系統論和宏觀的整體論研究闡明生命本質及疾病機制是中西醫結合的重要方法論。 中西醫結合的研究模式。一是改變適用於線性系統的單一指標決定論的研究方式，借鑒適用於複雜非線性系統的中醫“君、臣、佐、使”四維指標體系決定論的研究方式；二是改變單純從單體和有效成份研究中藥的模式，轉向揭示複方和單位中藥複合成份的多靶向系統性調節干預作用機制的研究思路；三是改變單純通過動物實驗來研究疾病發病機理和藥物作用機理的研究思路，轉變為先從人體獲取資料，再到動物模型進行驗證，最後再回歸人體進行驗證的研究思路；四是多學科研究聯合攻關，建立中西醫結合的學科理論體系，形成具有中國特色的新醫學。 中西醫結合的研究思路。中西醫結合並非是簡單機械地“中醫+西醫”的拼合，而是由初級到高級、由量變到質變、由表像到本質、由肯定，否定，再到否定之否定的不同認識層次的結合階段，最終形成系統科學的中西醫結合理論體系，因此，應規劃好中西醫結合研究的發展戰略。 一是繼承發展，體用結合。儘管中西醫結合是兼中西醫學之長，擇善而融通，旨在形成新的結合醫學；但是繼承發展中國傳統醫藥學，促進中醫現代化仍是中西醫結合的出發點和歸宿之一。要結合好，首先必須繼承好；只有堅持以中為體，以西為用，體用結合，才符合中醫學科學原理，不丟失中醫學的精髓，中西醫結合才有真正的結果。 二是既要有創新思維，又不能牽強附會。中西醫結合研究是具有原創意義的創新性研究，需要在中醫、西醫原有思維模式的影響中超脫，形成結合的新思路，才可以產生新的方法，在科學的原則下“標新立異”。但必須正確瞭解中醫或西醫每一個形態或功能的概念，並且深刻理解這些概念的本質內涵，才能進行彼此的溝通聯繫。切不可僅以憑表像或個別特徵就牽強附會對應聯繫，否則將導致不科學的結論。 三是中西醫結合是需要多學科知識為基礎。要大力吸收和借鑒當代先進科學理論和科學技術方法，通過多學科研究來聚焦中西醫結合研究成果。不僅需要現代中、西醫學知識、資訊科學技術知識，而且還需要先進的哲學思想、人文社會科學的知識。只有不斷借鑒最前沿的理論和技術方法，才可能將中西醫結合研究工作推入快車道。 四是中西醫結合的研究源於實踐又以實踐為歸宿。中西醫結合的最重要的任務之一，是尋找治療疾病、提高健康水準的有效手段，以“提高臨床效果”為目的。因此，中西醫結合研究的選題重點是臨床研究；即使是基礎研究，其立題也必須是與臨床密切相關的課題。所有研究成果都必須在實踐中檢驗。 五是中西醫結合亟待研究的科學問題。一是藥物研發方向是研究具有多靶向系統性調節和干預的新藥；二是中藥與消化道微生態環境互作的網路關係；三是有毒中藥成分對消化道微生態平衡的影響；四是中藥複方調節機體內穩態的系統性作用機制；五是中醫體表療法與機體體表淺層組織細胞力學感受裝置作用機制及信號傳遞；六是經絡與機體能量資訊傳遞載體、通道（迴圈、體液、生物電，快、慢通道）。 六是中西醫基礎學科建設設想。中西醫結合生理學，中西醫結合病理生理學，中西醫結合藥理藥效學。